MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11 plasmid 2

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008504	ATAA	2	8	78	85	75 %	25 %	0 %	0 %	116326541
2	NC_008504	TAT	2	6	120	125	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326541
3	NC_008504	AT	3	6	135	140	50 %	50 %	0 %	0 %	116326541
4	NC_008504	TAT	2	6	147	152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326541
5	NC_008504	TTA	2	6	155	160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326541
6	NC_008504	TTTA	2	8	196	203	25 %	75 %	0 %	0 %	116326541
7	NC_008504	TCT	2	6	227	232	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326541
8	NC_008504	ATT	2	6	271	276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326541
9	NC_008504	CATTC	2	10	315	324	20 %	40 %	0 %	40 %	116326541
10	NC_008504	ATT	2	6	367	372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326541
11	NC_008504	T	9	9	371	379	0 %	100 %	0 %	0 %	116326541
12	NC_008504	TAT	2	6	405	410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326541
13	NC_008504	TTTA	2	8	484	491	25 %	75 %	0 %	0 %	116326541
14	NC_008504	AAAT	2	8	502	509	75 %	25 %	0 %	0 %	116326541
15	NC_008504	TAAT	2	8	525	532	50 %	50 %	0 %	0 %	116326541
16	NC_008504	TAAA	2	8	565	572	75 %	25 %	0 %	0 %	116326541
17	NC_008504	CA	3	6	600	605	50 %	0 %	0 %	50 %	116326541
18	NC_008504	TAA	2	6	613	618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326541
19	NC_008504	TGT	2	6	626	631	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326541
20	NC_008504	T	6	6	667	672	0 %	100 %	0 %	0 %	116326541
21	NC_008504	ACTA	2	8	691	698	50 %	25 %	0 %	25 %	116326541
22	NC_008504	ATT	2	6	734	739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008504	TTTAA	2	10	740	749	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008504	ATT	2	6	773	778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008504	TTAT	2	8	779	786	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008504	ACG	2	6	934	939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326542
27	NC_008504	CAA	2	6	949	954	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326542
28	NC_008504	CTCTA	2	10	972	981	20 %	40 %	0 %	40 %	116326542
29	NC_008504	GAA	2	6	1050	1055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326542
30	NC_008504	A	7	7	1067	1073	100 %	0 %	0 %	0 %	116326542
31	NC_008504	AGTG	2	8	1102	1109	25 %	25 %	50 %	0 %	116326542
32	NC_008504	TTA	2	6	1192	1197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008504	CATC	2	8	1214	1221	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008504	AG	3	6	1292	1297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008504	GAA	2	6	1328	1333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008504	AAAT	2	8	1441	1448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008504	ATA	2	6	1587	1592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008504	A	6	6	1592	1597	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008504	AT	3	6	1632	1637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008504	TTTAT	2	10	1639	1648	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008504	GAAT	2	8	1665	1672	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008504	AAAT	2	8	1674	1681	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008504	ATA	2	6	1709	1714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008504	TAT	2	6	1756	1761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008504	TTG	2	6	1806	1811	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008504	GA	3	6	1812	1817	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008504	A	6	6	1837	1842	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008504	TAT	2	6	1882	1887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008504	ATTA	2	8	1915	1922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008504	TGA	2	6	1925	1930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008504	TTA	2	6	1940	1945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008504	A	6	6	1969	1974	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008504	TAT	2	6	1977	1982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008504	ATA	2	6	1997	2002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008504	AAT	2	6	2055	2060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008504	AAT	2	6	2136	2141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008504	GT	3	6	2146	2151	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008504	GAAAA	2	10	2155	2164	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008504	A	6	6	2161	2166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008504	AGA	3	9	2178	2186	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008504	AATCA	2	10	2188	2197	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_008504	ATT	2	6	2230	2235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008504	TTTAA	2	10	2256	2265	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008504	AG	3	6	2282	2287	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008504	AG	3	6	2350	2355	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008504	CAA	3	9	2443	2451	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008504	AGA	2	6	2459	2464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008504	A	7	7	2467	2473	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008504	TGG	2	6	2474	2479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008504	AAGAT	2	10	2511	2520	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008504	AAG	2	6	2669	2674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008504	GAA	2	6	2709	2714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008504	GT	3	6	2734	2739	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008504	A	7	7	2801	2807	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008504	T	6	6	2858	2863	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008504	TGA	2	6	2986	2991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008504	A	7	7	3016	3022	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008504	TGA	2	6	3084	3089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008504	TAAAA	2	10	3104	3113	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008504	A	6	6	3110	3115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008504	TGG	2	6	3132	3137	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008504	T	6	6	3139	3144	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008504	T	7	7	3146	3152	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008504	TA	3	6	3246	3251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008504	TA	3	6	3268	3273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008504	TAAA	2	8	3324	3331	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008504	TAT	2	6	3344	3349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008504	T	7	7	3454	3460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008504	ACC	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_008504	AAAAT	2	10	3518	3527	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008504	AAT	2	6	3668	3673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008504	GA	3	6	3684	3689	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008504	A	6	6	3699	3704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008504	TGA	3	9	3742	3750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008504	T	6	6	3811	3816	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008504	ATT	2	6	3843	3848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008504	ATA	2	6	3892	3897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008504	TCAA	2	8	3898	3905	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_008504	AAAATA	2	12	3925	3936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008504	A	6	6	4032	4037	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008504	GAACG	2	10	4066	4075	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008504	T	6	6	4102	4107	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008504	A	6	6	4188	4193	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008504	A	6	6	4255	4260	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008504	A	10	10	4269	4278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008504	TAAT	2	8	4416	4423	50 %	50 %	0 %	0 %	116326543
107	NC_008504	AAATTT	2	12	4432	4443	50 %	50 %	0 %	0 %	116326543
108	NC_008504	A	7	7	4520	4526	100 %	0 %	0 %	0 %	116326543
109	NC_008504	ACAA	2	8	4545	4552	75 %	0 %	0 %	25 %	116326543
110	NC_008504	T	6	6	4558	4563	0 %	100 %	0 %	0 %	116326543
111	NC_008504	A	6	6	4576	4581	100 %	0 %	0 %	0 %	116326543
112	NC_008504	TAT	2	6	4582	4587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326543
113	NC_008504	TTA	2	6	4600	4605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326543
114	NC_008504	T	6	6	4606	4611	0 %	100 %	0 %	0 %	116326543
115	NC_008504	ATT	2	6	4631	4636	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326543
116	NC_008504	TGG	2	6	4672	4677	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326543
117	NC_008504	TACT	2	8	4711	4718	25 %	50 %	0 %	25 %	116326543
118	NC_008504	A	6	6	4735	4740	100 %	0 %	0 %	0 %	116326543
119	NC_008504	AGG	2	6	4745	4750	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	116326543
120	NC_008504	T	6	6	4751	4756	0 %	100 %	0 %	0 %	116326543
121	NC_008504	ATATA	2	10	4773	4782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008504	ATATT	2	10	4840	4849	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008504	T	6	6	4851	4856	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008504	TC	3	6	4899	4904	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_008504	AT	3	6	4912	4917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008504	CTA	2	6	4922	4927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008504	TAT	2	6	4966	4971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008504	TAAA	2	8	5006	5013	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008504	TCAC	2	8	5021	5028	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008504	TAA	2	6	5042	5047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008504	AGT	2	6	5071	5076	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008504	AAT	3	9	5154	5162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008504	T	6	6	5178	5183	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008504	TAT	3	9	5190	5198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008504	CAAA	2	8	5218	5225	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_008504	A	6	6	5223	5228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008504	A	6	6	5277	5282	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008504	A	6	6	5318	5323	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008504	T	8	8	5328	5335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008504	ATA	3	9	5391	5399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008504	A	6	6	5478	5483	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008504	T	6	6	5542	5547	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008504	T	8	8	5551	5558	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008504	T	6	6	5588	5593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008504	CTTTT	2	10	5672	5681	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_008504	AT	3	6	5693	5698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008504	GAAC	2	8	5811	5818	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_008504	A	6	6	5819	5824	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008504	TC	3	6	5825	5830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_008504	TGTT	2	8	5837	5844	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008504	A	6	6	5860	5865	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008504	GAA	3	9	5880	5888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008504	T	7	7	5898	5904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008504	CTT	2	6	5905	5910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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183	NC_008504	TTC	2	6	7057	7062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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233	NC_008504	AAAG	2	8	9453	9460	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.